艾叶烟熏预防瘟疫，从古代起就有着广泛的应用——如：东晋著名的医药学家葛洪在他的《肘后备急方》中就介绍了用艾叶烟熏消毒预防瘟疫传染的方法：在瘟疫流行时“以艾灸病人床四角，各一壮，令不相染”，而且认为用这种方法预防疫病传染，效果“极佳”。
西汉以来，中国历史上共发生过三百多场瘟疫，正是由于中医的有效预防和诊疗，在有限的地域和时间内控制住了疫情的蔓延，中国历史上从没有出现过西班牙大流感、欧洲黑死病、全球鼠疫那样一场瘟疫就造成上千万人死亡的悲剧；不得不说艾灸在其中一直发挥着重要的作用。在传染病流行的季节或地区，及时予以恰当的灸治，可以预防传染病的发生和蔓延。如孙思邈的《千金要方》：“凡入吴蜀地游宦，体上常须两三处灸之，勿令疮暂瘥，则瘴疠温疟毒气不能著人也。”
现代医学研究证明艾烟对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、乙型链球菌等不同传染性、流行性疾病的致病菌、真菌和疱疹病毒、流感病毒、腺病毒、鼻病毒、和腮腺炎病毒等常见空气传播病毒都均有抑制作用，在空气消毒方面具有良好的作用。
如今新型冠状病毒肆虐，艾草也运用在了防疫上。《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第四版）》中的中医治疗方案把新冠肺炎归属于“疫病”范畴，其病因为“感受疫戾之气”。国家中医药管理局医疗救治专家组组长、中国科学院院士仝小林院士进一步指出，新冠肺炎当属“寒湿（瘟）疫”，是感受寒湿疫毒而发病，正如《黄帝内经》所云“形寒饮冷则伤肺”。治疗寒邪，当温散、透邪，治疗湿邪，当芳香避秽化浊。除此之外中国工程院院士、天津中医药大学校长张伯礼，广东省名中医、医院副院长杨志敏等多名专家学者都在不同媒体上推荐了艾灸防疫。